Krustpils pili, kur atrodas muzejs, 1237. gadā licis uzbūvēt Rīgas arhibīskaps Nikolajs de Magdeburgs. 16. gs. vidū Krustpils pils nonāca Polijas karaļa Stefana Batorija īpašumā un kļuva par muižas centru. Polijas karalis 1585. gadā Krustpils pili uzdāvināja baronam Nikolausam fon Korfam. Baroni fon Korfi Krustpils pilī saimniekoja vairāk kā 300 gadus.

Pēc pirmā Pasaules kara Krustpils pilī darbojās Latgales artilērijas pulks. Padomju laikos pili un muižas ēkas nodeva PSRS armijai.

Kopš 1996. gada Krustpils pilī atrodas Jēkabpils Vēstures muzejs, pārņemot pils apsaimniekošanas un atjaunošanas darbus. Piedāvājumā ekskursijas, izstādes un ekspozīcijas, izglītojošās programmas, telpu nomu un dažādus pasākumus. Muzeja viesiem tiek piedāvātas septiņas jaunizveidotas pastāvīgās ekspozīcijas - "Krustpils. Jēkabpils. Daugava", "Vecticībnieki Jēkabpilī", "Izgatavots Jēkabpilī 19.-20. gadsimtā", "Cīņas par brīvību 20. gadsimtā", "Mēs lepojamies", "Senvēsture" un "Strūves ģeodēziskā loka punkts Jēkabpils".